آکانه، خلبان نیروی دفاعی ژاپن، با ظهور یک گودزیلای جدید در تاتیاما با سرنوشت خود روبه‌رو می‌شود. به عنوان یک اقدام متقابل، سایبورگی به نام کیریو از بقایای گودزیلای اصلی ساخته می‌شود. مشخص می‌شود که این ماشین روح ناآرام هیولای اصلی را در خود دارد، در حالی که آکانه نیز باید یاد بگیرد که ارزش زندگی خود را دوباره پیدا کند.

موترا و پری‌هایش به ژاپن بازمی‌گردند تا به بشریت هشدار دهند که باید کیریو را به دریا بازگردانند، چرا که مردگان نباید آشفته شوند. با این حال، گودزیلا جان سالم به در برده تا دوباره ژاپن را تهدید کند و کیریو را به عنوان تنها دفاع این کشور باقی بگذارد.